『ファイナルファンタジー レゾナンス』の開発では、ゲームプレイが単調になるような「お使いクエスト」を減らすため、実際にいくつかのサブクエストが削除されていた。
10月30日に公開されたファミ通の発売記念インタビューで、中島啓輔プロデューサーは、「お使いクエスト」に見えるものはゲームプレイが単調になるため、極力少なくするよう求めていたと説明。「そう見えてしまうサブクエストは、実際にいくつか削っています」と明かした。
古屋海斗ディレクターによると、開発中には掲示板から依頼を受け、そのまま目的地へ向かう形式も一度試したという。しかし、本作ではそれではプレイのしがいがなくなると考え、採用を見送った。古屋氏は、そうした形式のゲームも否定しない一方、『FFレゾナンス』では物語を中心に置くことを重視したと説明している。
古屋氏は、サブストーリーにもメインストーリーと同じくらい力を入れることを、これまでのゲーム開発でも重視してきたという。自身が好んで遊ぶ『ウィッチャー3』や『The Elder Scrolls』シリーズを挙げ、これらの作品はメインストーリーだけでなくサブストーリーも面白いと評価。海外のプレイヤーにも楽しんでもらうには、そうした要素が欠かせないと考え、本作の制作にも同じ姿勢で臨んだと語った。
仲間の人物像を掘り下げるサブクエストにも、こうしたこだわりが反映されている。第1章に追加されたクエストでは、主人公レインが、自分の掲げる理想を「きれいごと」だと理解しながらも、それでも理想を追い求めようとする姿が描かれる。また、冷静で理知的に見えながら実は情に厚いラスウェルについても、その一面を伝えるためのクエストが用意されており、中盤以降によりはっきり見えてくる人物像への前振りが序盤から盛り込まれているという。
