『進撃の巨人3』について、A9VGのインタビューで岩田隼人ディレクターは、オリジナル主人公の行動によってアニメの展開が分岐したり、本来死亡する人物がゲーム内では生き残ったりするような歴史改変は起こらないと説明。メインストーリーには、原作の歴史を変えるIFルートを入れないとしている。
一方で、メインストーリー以外にはゲームオリジナルのサブストーリーも用意される。岩田氏によると、『進撃の巨人』には人気キャラクターが多いことから、すでに死亡したキャラクターとも交流できる場所を用意しているという。
なお、前作『進撃の巨人2』には、ストーリーモードのクリア後、戦闘中の特殊任務を達成することで原作で戦死する仲間の死亡を回避し、「日常パート」に登場させられる要素が存在した。
