『Fate/EXTRA Record』では、敵から受けるダメージは事前に数値表示されない。メディアブリーフィング後の合同メールインタビューでは、質問者がデッキ構築型ゲームでは敵から受けるダメージを確認できるのがスタンダードな印象だとしたうえで、本作でそれが見えない理由を尋ねた。これに対しアニプレックススタッフは、ダメージを予測して細かく数値計算するゲームになると、プレイのハードルが上がってしまうため、あえて表示しないようにしたと開発陣から聞いていると説明している。
とはいえ、完全に手探りで戦うわけではない。ファミ通.comによると、「データアクセス」を使えば、敵の次の攻撃や強化を確認できるという。詳細なダメージ量こそ分からないが、強力な攻撃が来ると分かれば、防御系のコマンドカードを優先するといった対応は取りやすい。
戦闘システムについては、戦略性の高い現代的なバトルを検討した結果、デッキ構築型を採用したという。デッキはおおむねサーヴァントごとに固有で、入手したカードの中から戦略を組み立てていく形になる。自由度を高くするとそれだけ難しくなるため、開発陣もバランス調整に苦心したとしている。
