『ファイアーエムブレム 万紫千紅』では、周回や別ルートで育てた同じキャラクターの成長結果が後の展開で統合される。任天堂が公開した「開発者に訊きました」では、この仕組みとともに、すでに公表されていた「セーブデータは1つ」という仕様の理由も明かされている。
たとえば1周目で魔道士、2周目で剣士として同じ主人公を育成し、両方をクリアすると、「その両方の強さを持ったキャラクターになるような形」になるという。この仕様は仲間キャラクターにも適用される。カイ篇とディートリヒ篇の両方で同じ仲間を加入させ、それぞれ異なる育て方をした場合は、後の展開で両方のステータスが統合され、さらに強いキャラクターになると説明されている。
インテリジェントシステムズの草木原俊行ディレクターは、プレイヤーが積み重ねた体験を無駄にせず、1つに集約していくことを目指したと説明した。この考えはセーブ仕様にも反映されており、本作では4人の主人公の物語を1つのセーブデータで並行して進める形式が採用されている。
一方で、複数のセーブデータを残しておきたいプレイヤーがいることも、開発側は認識しているという。ただ、複数セーブを可能にすると、それぞれのデータで各主人公の物語をどこまで進めたのか分かりにくくなる。そこで本作では、セーブデータは1つにしつつ、すべての主人公・すべての章について、章開始時点のデータを保存する仕組みを用意した。これにより、過去の章を遊び直すほか、マップやイベントの確認、特定の戦闘の再プレイも可能となっている。
