プロトタイプは、ダウンロード専売として発表したNintendo Switch版『CLANNAD』についてパッケージ版も発売すると発表しました。発売日予定日はダウンロード版、パッケージ版ともに7月4日。価格はパッケージ版が5,200円+税、ダウンロード版が4,600円（税込）です。なお、パッケージ版初回生産分には特典としてドラマCD「光見守る坂道で」より2話を収録したディスクが付属します。
Nintendo Switch版『CLANNAD』は、フルHD画質、5.1chサラウンド、テキストの英語切り替えに対応しています。
