『ファイアーエムブレム 万紫千紅』では、『風花雪月』から開発体制が変更された。任天堂側は、『風花雪月』でコーエーテクモゲームスが加わった3社体制を「シリーズとしては特殊な開発環境」だったと振り返り、本作では任天堂とインテリジェントシステムズで「新たな開発体制」を構築したと説明している。
任天堂が公開した「開発者に訊きました：ファイアーエムブレム 万紫千紅」で、本作のプロデューサーを務める横田弦紀氏は「ファイアーエムブレム」シリーズについて、伝統的に任天堂とインテリジェントシステムズが共同で開発してきたと説明。一方、『風花雪月』では『ファイアーエムブレム無双』で組んだコーエーテクモゲームスにも加わってもらい、目指したゲーム体験を実現したと振り返っている。
当時の体制については、2019年のファミ通.comによる『風花雪月』開発者インタビューで、『万紫千紅』でもインテリジェントシステムズ側のディレクターを務める草木原俊行氏がさらに具体的に説明している。インテリジェントシステムズでは、自身に加えてデザイナー数名、サウンドクリエイター、アドバイザーとしてのプログラマーという「最小構成」で、基本的なゲーム開発はコーエーテクモゲームスが担当していたという。
これに対して『万紫千紅』では、『風花雪月』と世界としてつながりながらも「異なるゲーム体験」を作ることを目指し、そのために任天堂とインテリジェントシステムズで新たな開発体制を構築した。横田プロデューサーは、それによってこれまでの学びを生かしつつ、草木原ディレクターの描きたい世界を存分に表現できたのではないかと話している。
本作が初公開された2025年9月時点でも、著作権表記が「© Nintendo / INTELLIGENT SYSTEMS」となっており、コーエーテクモゲームスの名前が見当たらないことから、本サイトでは同社が関与していない可能性を取り上げていた。当時は、『風花雪月』でも発表後にコーエーテクモゲームスの参画が明らかになった経緯があったため、断定は避けていた。ただし、今回の説明でも、コーエーテクモゲームスが『万紫千紅』に一切関与していないことまで直接明言されたわけではない。
草木原氏は、描きたいテーマもはっきりしていたとしたうえで、「今回は自分たちでとことんやるぞ！」と腹をくくったと説明。『風花雪月』を超える気持ちで本作を作ってきたと語っている。
